Dnia 2 czerwca 1991 r. Jan Paweł II dokonał w Rzeszowie beatyfikacji bpa Józefa Sebastiana Pelczara podczas IV pielgrzymki do Polski. 

O beatyfikacji Ojca Założyciela mówi s. Sebastiana Choroś, SŁNSJ:

Dla nas, Sióstr Sercanek beatyfikacja Ojca Założyciela była wydarzeniem oczekiwanym od wielu lat. Siostry, które osobiście znały bpa Pelczara dały o nim świadectwo przekazując je następnym pokoleniom sióstr. Beatyfikacja potwierdziła jego świętość. Zyskałyśmy orędownika u Boga, który jest dla nas kimś bliskim, bo duchowym ojcem i przewodnikiem na naszej sercańskiej drodze.

Owocem beatyfikacji był wzrost wiary i pobożności wśród wiernych, którzy prosili o jego wstawiennictwo oraz dziękowali za otrzymane łaski. Jedno z tych podziękowań dotyczyło otrzymanego cudu, który potem posłużył do kanonizacji bpa Pelczara. Po beatyfikacji powstało wiele prac naukowych na jego temat. Obrano go także patronem diecezji rzeszowskiej, powiatu korczyńskiego, wielu instytucji, parafii oraz placówek oświatowych na terenie Polski, a także na innych kontynentach. Liczne parafie i osoby indywidualne nadal proszą o jego relikwie.

Bł. J. S. Pelczar był bardzo aktywnym pasterzem, a jednocześnie człowiekiem kontemplacji. Świadkowie jego życia zaświadczają, że pomimo pracy naukowej na UJ oraz trosk pasterskich – był wierny modlitwie. Taki styl wymagał ogromnej samodyscypliny. Już jako kleryk i młody kapłan świadomie i konsekwentnie dążył do świętości. Biskup Pelczar był postrzegany jako pasterz wielkiego formatu, zatroskany o Kościół i losy Ojczyzny. Dla naszego pokolenia początku XXI wieku nadal aktualne jest jego przesłanie zawarte w dziele pt. Życie duchowe: Żaden stan lub wiek nie jest przeszkodą do życia doskonałego. Bóg bowiem nie ma względu na rzeczy zewnętrzne, ale na duszę, a żąda tylko tyle, ile dać możemy.