W rodzinnym domu
Józef Sebastian przyszedł na świat w Korczynie, jako trzecie spośród czworga dzieci Wojciecha i Marianny z Mięsowiczów. Dzieciństwo przeżył szczęśliwie, w gronie kochającej się rodziny.

Wojciech, był człowiekiem pracowitym, bardzo zaradnym i – jak na tamte czasy – wykształconym. Wrażliwy i otwarty na wartości religijne oraz patriotyczne, w tym samym duchu wychowywał swoje dzieci. Dla całej swej rodziny zorganizował domową biblioteczkę, z której Józef Sebastian korzystał niemal nieustannie. Również matka Świętego, kochająca poezję i muzykę wpajała dzieciom swoje pasje, które zaowocowały w ich dorosłym życiu. Głęboko pobożna, ofiarowała każde swe dziecko Matce Najświętszej w pobliskim sanktuarium Matki Bożej Leżajskiej.

 Rodzinny dom był pierwszym i chyba najważniejszym uniwersytetem przyszłego Rektora Uniwersytetu Jagielońskiego. Bogactwo umysłu, serca i wiary, jakie wyniósł z domu rodzinnego stało się kanwą, na której budował osobistą wielkość.

Uczeń
Jako sześciolatek Józef Sebastian rozpoczął w 1848 r. naukę w skromnej szkole parafialnej w Korczynie. Był bardzo zdolnym uczniem, stąd materiał trzech klas przyswoił sobie w dwa lata, dlatego we wrześniu 1850 r. rodzice zdecydowali się wysłać go do Rzeszowa, gdzie miał kontynuować dalszą naukę w tzw. szkole głównej (czteroletniej), po której można było starać się o przyjęcie do gimnazjum. Szkołę tę zaczął od trzeciej klasy i od razu stał się najlepszym uczniem. Wiele lat później w swojej Autobiografii napisał: „Z łaski Bożej nauka szła mi dobrze”. To, co zaskakuje, to jego ogromna dojrzałość i samodzielność. Warto zwrócić uwagę, że mając zaledwie osiem-dziewięć lat sam mieszkał na stancji, sam decydował o planie dnia, o tym co będzie jadł, jak długo będzie się uczył...

Gimnazjum rzeszowskie pod każdym względem zachwycało młodego Pelczara. Wysoki poziom nauczania i koleżeńska rywalizacja w nauce, mobilizowały go do sięgania po najwyższe oceny i nagrody. Mając ponadto przyjazne usposobienie szybko zdobywał serca kolegów i profesorów. O czym marzył? Zwierzył się kiedyś swemu katechecie ks. Feliksowi Dymnickiemu: „Pragnę zostać wielkim człowiekiem”.

Już w okresie gimnazjalnym pociągało go kapłaństwo oraz nauka, zwłaszcza historia. Dlaczego kapłaństwo? Każde powołanie to przedziwna tajemnica, która rozwija się w sercu powołanego od pierwszych lat dziecięcych. W przypadku św. Józefa Sebastiana ogromną rolę odegrało środowisko rodzinne, a szczególnie jego matka – Marianna. Niekiedy trudno jest ochronić w sercu głos powołania Bożego, gdyż człowiek poddawany jest różnym próbom i pokusom, które zjawiają się niewiadomo skąd i w chwilach najmniej oczekiwanych. 

Święty sam też wyznaje: 
Z początku nie było w duszy bardzo jasno i pogodnie, bo nauka, a szczególnie historia miała dla mnie wielki urok i ciągnęła mnie na inne pole pracy. Ale wnet zrozumiałem, jak wielkim jest zaszczytem i niewymownym szczęściem być kapłanem; i już wtenczas zapisałem w swoim pamiętniku: Ideały ziemskie blednieją. Ideał życia widzę w poświęceniu się, a ideał poswięcenia w kapłaństwie.

Po ukończeniu szóstej klasy gimnazjalnej, Józef Sebastian zdecydował się wstąpić do seminarium Duchownego w Przemyślu. Zamieszkał w budynku seminaryjnym, a na lekcje uczęszczał do gimnazjum, gdyż warunkiem przyjęcia do grona klaryków było ukończenie ośmiu klas gimnazjalnych z uzyskaniem świadectwa dojrzałości. Klimat nowej szkoły nie zachwycał go, ale wiedząc, co chce w życiu osiągnąć, konsekwentnie zmierzał do celu. Gimnazjum ukończył w 1860 r., zdając egzamin dojrzałości celująco.

Kapłan
Święcenia kapłańskie są jedną z najważniejszych chwil w życiu każdego kapłana. Dla młodego Józefa Sebastiana Pelczara ten radosny akt miał miejsce dnia 17 lipca 1864 r. Tydzień później, w niedzielę 24 lipca, odprawił on w swej rodzinnej parafii prymicyjną Mszę św.

Nadeszła wreszcie niedziela 17 lipca 1864 r. - upragniona chwila świeceń kapłańskich. Józef Sebastian Pelczar, wraz z innymi kolegami leżał krzyżem u stóp ołtarza, tonąc we łzach radości i szczęścia. Było ich razem dziewięciu. Wszyscy goraco prosili Boga o łaskę godnego przyjęcia tak wielkiego sakramentu. Tego dnia tlumy ludzi zalegały przemyską katedrę. Wśród nich był także podeszły w latach Wojciech Pelczar. Patrząc na szczęście syna płakał z radości i całą duszą śpiewał dziękczynne "Magnificat".

/ Fragment książki s. Karoliny M. Kasperkiewicz Sł.NSJ, Sługa Boży Józef Sebastian Pelczar biskup przemyski ob. łac. Szkic biograficzny, Rzym 1972/

Wikariusz w Samborze
Na swoją pierwszą parafię, do Sambora, ks. Pelczar wyjechał dnia 18 sierpnia 1864 r. Proboszczem był tam wówczas ks. Jan Paweł Jedliński. Pracy czekało go wiele, gdyż parafia należała do jednej z liczniejszych w diecezji. Ks. Pelczar okazał się być znakomitym spowiednikiem, przyjacielem młodzieży oraz oparciem dla chorych i ubogich. Nie pracował tam jednak długo, bo już w grudniu 1865 r. wyjechał na studia do Rzymu.

Student w Wiecznym Mieście
Zdolności intelektualne ks. Pelczara i zamiłowanie do odkrywania coraz to szerszych horyzontów wiedzy obudziły w nim marzenie o dalszych, specjalistycznych, studiach. Początkowo ich miejscem miał być Wiedeń, lecz pragnienia neoprezbitera sięgały znacznie dalej - do Rzymu. Mimo, iż z poczatku wydawały się one nierealne ze względu na pełną zakazów politykę zaborców oraz brak w Rzymie domu studiów dla księży pochodzących z Polski, zostały zrealizowane. Dnia 19 grudnia młody kapłan znalazł się w Wiecznym Mieście.

Kolegium Polskie, było dopiero w stadium organizowania się. Przyszły profesor UJ zamieszkał, podobnie jak inni jego koledzy, w prywatnym domu, co nastręczało studiującym wiele problemów. Warunki mieszkaniowe poprawiły się dopiero z dniem 24 marca 1866 r., gdy nastąpiło uroczyste otwarcie Kolegium Polskiego. Rektorem domu Ojciec Święty Pius IX mianował o. Piotra Semenenko, zmartwychwstańca.

Dnia 2 stycznia 1866 r. ks. Pelczar po raz pierwszy przekroczył progi sali wykładowej prowadzonego przez jezuitów Collegium Romanum. Wykładowcami oraz słuchaczami tej uczelni byli duchowni z całego świata. Tempo studiów ks. Pelczara było imponujące. Dzięki zezwoleniom na szybszy tok studiów już 5 lipca 1866 r. zdał egzamin licencjacki z teologii, obejmujący traktaty: de gratia oraz de Deo uno et trino. Jeszcze tego samego roku, dnia 10 grudnia uzyskał tytuł doktora na papieskim uniwersytecie Sapientia.

Obok studiów teologicznych ks. Pelczar podjął również studia z zakresu prawa kanonicznego w Instytucie św. Apolinarego. Z zapisków młodego Doktora teologii dowiadujemy się: "Dnia 24 listopada, po tygodniowej nader gorącej pracy składam egzamin na baccalaureat prawa. Pytają mnie egzaminatorowie de impedimento clandestinitatis privilegium clericorum". Egzamin licencjacki z prawa odbył się 5 czerwca 1867 r., zaś niespełna w rok później tj. 1 kwietnia 1868 r. ks Pelczar złożył pisemny egzamin doktorski, następnego - ustny. Dnia 3 kwietnia, złożywszy publiczne wyznanie wiary uzyskał tytuł doktora prawa kanonicznego. Tak zakończył się pewien etap w życiu ks. Pelczara. Dzięki ogrmnej pracowitości, konsekwencji i ponadprzeciętnym zdolnościom w ciągu dwóch i pół lat uzyskał dwa doktoraty, podłębiając zarazem życie duchowe.

Po latach swoje przeżycia związane z tym okresem ujął w jedno, pełne treści zdanie:
Codziennie dziękuję Bogu, że mnie przyprowadził do Rzymu, bo wiele tam skorzystałem dla umysłu i serca.

Wikariusz w Wojutyczach i Samborze
Po ukończeniu studiów w 1868 r., ze względu na brak wolnego etatu wykładowcy w przemyskim seminarium duchownym, ks. Pelczar zdecydował się na podjęcie posługi wikariuszowskiej w jednej z najbiedniejszych i najbardziej zaniedbanych parafii diecezji przemyskiej - w Wojutyczach. Był to trudny teren pracy dla kapłana, gdyż wierni stronili od kościoła i sakramentów tak, że pracę należało zaczynać od dzieci, w nadziei, że być może przyniesie ona owoc w ich dorosłym życiu. Ks. Pelczar ubolewał nad stanem parafii, a jednocześnie, mając dużo wolnego czasu, wykorzystywał go na osobistą lekturę.

Napisał:
Oddaję się całkiem poznaniu życia wewnętrznego, skąd wiele światła i pociech odnoszę.

Sytuacja ta ożywiła w nim pragnienie życia zakonnego oraz głębszych studiów biblijnych za granicą. Ówczesny ordynariusz przemyski, nie chcąc stracić dobrze zapowiadającego się kapłana, posłał go w styczniu 1869 r. do Sambora. Tam ks. Pelczar ponownie oddał się aktywnej pracy duszpasterskiej w tętniącej życiem ponad dwunastotysięcznej parafii. Posługiwał w niej do października 1869 r. Owocem Jego kaznodziejskiej pracy był zbiór kazań majowych o życiu duchownym - w oparciu o życie Najśw. Maryi Panny. Na kanwie tych nauk powstały później dwie książki: Życie duchowne czyli doskonałość chrześcijańska oraz Kazania o Najśw. Pannie Maryi.

Wykładowca w Seminarium przemyskim
W pierwszych dniach października 1869 r. ks. Pelczar przyjechał do Przemyśla, by podjąć obowiązki prefekta w Wyższym Seminarium Duchownym. "Tak bowiem Bóg zrządził, że katedry profesorskie, czy to dogmatyki, czy historii kościelnej, które mi obiecywano, kiedy byłem w Rzymie, nie zostały opróżnione" - wspominał później w Autobiografii. W 1870 r. objął katedrę teologii pastoralnej, zaś w 1876 r. - podjął wykłady z prawa kanonicznego.

Dla pracowitego i pełnego energii młodego wykładowcy obowiązki te pozostawiały wystarczającą ilość czasu, by - jak sam pisze - "swobodnie oddać się prawieniu kazań, prowadzeniu dusz pobożnych, czytaniu a następnie pisaniu dzieł". Istotnie, w trakcie pracy w seminarium napisał i wydał drukiem chyba najpoczytniejsze ze swoich Życie duchowne, czyli doskonałość chrześcijańska oraz - będącą owocem odbytej wówczas pielgrzymki do Ziemi Świętej - książkę pt. Ziemia Święta i islam.

Profesor Uniwersytetu Jagielońskiego
Kiedy w 1876 r. Józef Sebastian dowiedział się o zbliżającym się wakacie Katedry Teologii Pastoralnej na Wydziale Teologii Uniwersytetu Jagiellońskiego podjął o nią starania. Jednakże została ona powierzona ks. J. Krukowskiemu, również profesorowi przemyskiego seminarium, natomiast ks. Pelczar został 19 marca 1877 r. mianowany na stanowisko profesora zwyczajnego historii kościelnej i prawa kanonicznego. Jak wspomina ks. A. Bystrzonowski "Na katedrze, która mu przypadła w udziale, nie inaczej pojmował swe zadanie, jeno w duchu szerokiego apostolstwa. W przedmiot naukowy wykładu umiał wlać tyle umiłowania ideałów Bożych i zarazem interesu życiowego, że oderwana i martwa teoria ożywała na jego godzinach, jako życie wchodziła do dusz słuchaczy, toteż dziś jeszcze stoi mi żywo w pamięci nie tylko wykład jego jasny i przekonywujący, w którym sam odsłaniał drogę życia kapłańskiego, ale i ten wyższy nastrój duchowy, którym umiał przejąć swoich słuchaczy, kiedy miłościwie a mądrze zaprawiał ich do ukochania obowiązków i trudów w służbie Kościoła".

Wymagający dla siebie, zachęcał także innych profesorów do ulepszania metod nauczania:
Nie wystarczy dzisiaj dyktować odwieczne jakieś skrypta albo recytować płynnie frazesy, wyjęte żywcem z małego kompendium, lecz postęp umiejętności i dobro młodzieży wymaga, aby profesorowie jasnym i przetrawionym wykładem utrzymywali ciągłą uwagę uczniów, wyjaśniali im rzeczy trudniejsze po polsku, zapytywali ich często o zdanie i nie tyle obciążali pamięć mnóstwem cytatów, ile kształcili ich w samodzielnym myśleniu.

Znakomite wykłady, dobre kontakty ze świeckimi profesorami oraz zdolności organizacyjne ks. Pelczara, musiały mu zyskać powszechną sympatię i uznanie społeczności akademickiej, skoro już w 1880 roku, a wiec w trzy lata po przybyciu z prowincjonalnego seminarium duchownego, powierzono mu urząd prorektora Uniwersytetu, następnie (trzykrotnie) dziekana Wydziału Teologicznego, a w latach 1882-83 - zaszczytne stanowisko rektora. Jako dziekan Wydziału Teologicznego, położył wielkie zasługi na rzecz jego odnowienia.

Jak sam wspomina w Autobiografii kosztowało go to wiele wysiłku:
[Wydział Teologiczny] utracił był dawne swoje prawa do nadawania stopni doktora i nie miał żadnego znaczenia u świeckich, tak że go pomijano przy wyborze rektora Uniwersytetu. Otóż poznawszy sytuację postanowiłem dążyć do tego, by wyjednać u rządu [jego] reorganizację (która rzeczywiście na mocy rozporządzenia cesarskiego z 15 sierpnia 1880 nastąpiła), aby ściągnąć z różnych stron Polski ludzi zdolnych i uczonych na profesorów [...], wreszcie, aby nawiązać dobre stosunki z profesorami świeckimi a przez to uczynić ich życzliwymi dla Wydziału Teologicznego, co się również udało. Ale wiele stąd doświadczyłem przykrości, za co również Bogu niech będą dzięki.

Ks. Pelczar oprócz pracy dydaktycznej i naukowej wiele sił poświęcał na działalność społeczną, charytatywną i oświatową. W roku 1891 wszedł do zarządu Towarzystwa św. Wincentego a Paulo jako zastępca prezesa Rady Nadzorczej i nie tylko wspierał kasę Towarzystwa swoim groszem, ale też podejmował inicjatywy celem zdobycia funduszu dla ubogich. Stawiając na pierwszym miejscu zorganizowaną działalność dobroczynną, z własnych poborów regularnie wspierał tanią kuchnię dla studentów (prowadzoną przez s. Samuelę Piksa, felicjankę) będącą prawdziwym dobrodziejstwem dla świeckich, pochodzących z ubogich rodzin Krakowa lub przybyłych z prowincji. W 1891 roku zainicjował powołanie Bractwa NMP Królowej Korony Polskiej, które oprócz celów religijnych miało spełniać zadania społeczne takie jak: opieka nad rzemieślnikami, biednymi i opuszczonymi wdowami i sierotami, sługami (zwłaszcza chorymi i nie mającymi miejsca pracy).

Warto wspomnieć o działalności ks. Pelczara w Towarzystwie Oświaty Ludowej, które za jego szesnastoletniej prezesury założyło ponad 600 czytelni i wypożyczalni książek, przeprowadziło wiele bezpłatnych wykładów, wydało wiele nowych dzieł i broszur oraz rozprowadziło wśród ludu sto kilkadziesiąt tysięcy książek i otworzyło szkołę dla służących.

Spośród licznych inicjatyw społecznych ks. Pelczara próbie czasu ostało się jedynie jego najbardziej osobiste dzieło - założone w 1894 r. Zgromadzenie Służebnic Najśw. Serca Jezusowego, które pomimo zmieniających się warunków nadal służy Kościołowi w Polsce i na świecie.

Powstanie Zgromadzenia Ojciec Założyciel wyjaśnia następujaco: 
Niech mi Bóg przebaczy tę śmiałość, bo dotad założycielami zakonów byli ludzie święci, ale to mnie trochę wymawia, że w okolicznościach dziwnie się układających widziałem wskazówkę woli Bożej.

Biskup
Dnia 3 maja 1898 r. zmarł niespodziewanie przyjaciel ks. Pelczara, bp J. Glazer, sufragan przemyski. Biskup Ł. Solecki wybrał na jego następcę ks. Pelczara. Po dokonaniu stosownych formalności Stolica apostolska wydała 27 lutego 1899 roku brewe prekonizacyjne, mianujące go sufraganem przemyskim. W rok później, po śmierci ordynariusza, bp. Łukasza Soleckiego bp. Pelczar rozpoczął długi, bo trwający aż do 28 marca 1924 roku okres posługiwania Kościołowi przemyskiemu jako ordynariusz, nosząc w sobie jedno, wielkie pragnienie: "Chcę mieć świętą diecezję".

O tym, jakie nadzieje wiązali z tym wydarzeniem mieszkańcy diecezji możemy przeczytać w "Echu Przemyśla", nr 4 z 1901 r.: 

Na stolicę biskupią wstępuje Arcypasterz, który niezwykłymi przymiotami umysłu i serca daje zupełną rękojmię, iż nie tylko utrzyma dawne świetne tradycje [...], ale doda nowego blasku, większą otoczy chwałą. Znany jest bowiem nasz Dostojny Książę Kościoła w całym kraju z rozległej wiedzy, jako znakomity przewodnik życia duchowego, znawca dziejów Kościoła i jego spraw, wykwintny pisarz i kaznodzieja wielce wymowny... Wiemy o tym dobrze, że szlachetne serce naszego Arcypasterza goreje wielką miłością dla Boga, Kościoła i Ojczyzny i z tej miłości snuje plany daleko idące, aby życie wiary rozkwitło w całej pełni, objęło wszystkie warstwy, objawiło się we wszystkich kierunkach. I wiemy też, że nasz Najdostojniejszy Arcypasterz dla uskutecznienia swych zbożnych zamiarów nie będzie szczędził trudów, czasu, zdrowia ni ofiar największych; poświęci swe siły ducha i ciała, swój majątek dla większej chwały Bożej i zbawiennego pożytku swych wiernych. Wiec słuszna jest radość - w pewne i doświadczone a szlachetne bardzo ręce powierzył Pan Bóg ster olbrzymiej diecezji w tak trudnych i niebezpiecznych czasach.

Ta charakterystyka okazała się bardzo trafna. Takim był właśnie biskup Józef Sebastian Pelczar jako arcypasterz od pierwszych dni sprawowania swego urzędu, aż do dnia odejścia do Domu Ojca. Jego posługa biskupia była wielowątkowa i zawsze miała na celu przyniesienie chwały Bożemu Sercu i Matce Bożej - Królowej Polski.

Wyrazem troski Świętego o dobro powierzonych Mu dusz było m.in. poświęcenie diecezji Najświętszemu Sercu Jezusowemu i Matce Najświętszej, liczne wizytacje parafii w celu zachęcenia wiernych do ożywienia w sobie ducha wiary oraz niezmiernie aktywna działalność synodalna dla wzmocnienia karności duchowieństwa i podniesienia poziomu życia religijnego. Będąc gorącym czcicielem Najświętszego Sakramentu bp Pelczar zachęcał wiernych do udziału w czterdziestogodzinnych nabożeństwach i do częstej adoracji. W tym celu polecił, by kościoły przez dłuższy czas pozostawały otwarte w ciągu dnia. Dzięki jego staraniom wzrosła też liczba nowych kościołów i kaplic, a wiele świątyń zostało odnowionych.

św.Józef Sebastian był gorącym patriotą. Głoszone przez niego kazania i mowy okolicznościowe emanowały umiłowaniem Ojczyzny, tradycji narodowych i troską o duchowy i materialny rozwój kraju. W czasie zaborów, gdy jeszcze nic nie zapowiadało rychłego odzyskania niepodległości, wzywał do pokładania ufności w Bogu i obrony wiary katolickiej:

Któż nie widzi, że dziś narody marnieją i wracają do barbarzyństwa, w miarę jak porzucają zasady chrześcijańskie. Chcemyż tedy, by naród polski przetrwał próby wieku, by nie wpuścił do swego serca jadu, który by go zatruł, by się nie ugiął przed żadną przemocą, strzeżmy jego wiary.

Z wiarą brońmy obyczaju, świętości domowego ogniska, zgody społecznej, ziemi ojczystej i języka, bo to wszystko jest siłą narodu. W tym celu pozbywajmy się wad starych [...], pracujmy sumiennie i po Bożemu [...], niosąc sobie chętną pomoc i zapierając się miłości własnej [...], żyjmy skromnie i oszczędnie, by ratować ziemię polską przed obcymi [...], nie żałujmy trudu i grosza dla dobra powszechnego, mając zawsze za pobudkę chwałę Bożą i pożytek ojczyzny. 

Jako ojciec diecezji na różne sposoby - słowem mówionym i pisanym przypominał o prawie Polaków do wolnej ojczyzny. Odzyskanie niepodległości powitał z wielką radością ale i zatroskaniem o przyszły kształt Rzeczypospolitej.

Na kilka lat przed śmiercią w Liście otwartym do posłów diecezji przemyskiej, a pośrednio do wszystkich posłów Sejmu Ustawodawczego wyznał:

Przez całe życie tęskniłem za Polską wolną, silną i świętą, modliłem się o taką Polskę i pracowałem jak mogłem dla takiej Polski.

W uznaniu jego zasług dla Ojczyzny dnia 2 maja 1923 r. został mu przyznany order komandorski z gwiazdą Polonia restituta (dekret podpisał prezydent Rzeczypospolitej Stanisław Wojciechowski i premier Władysław Sikorski).

Jako biskup otaczał wielka troską najuboższych mieszkańców swej diecezji. Ochronki dla dzieci, punkty z darmowymi posiłkami dla biednych, szkoły gospodarcze dla dziewcząt, bezpłatna nauka w seminarium duchownym dla chłopców z biednych rodzin - to niektóre z dzieł, które powstały z jego inicjatywy. Ubolewał nad krzywdą robotników i nad tym, że socjaliści postulowali rewolucyjny sposób naprawienia tych krzywd. Wskazywał na potrzebę ścisłego respektowania dyrektyw papieża Leona XIII, zawartych w jego społecznych encyklikach.

Wobec zróżnicowania narodowościowego diecezji bp Pelczar wzywał do zgodnego wpółżycia wszystkich mieszkańców wschodniej Małopolski, porównując oba narody: polski i ukraiński do dwóch rzek: Sanu i Wisły, płynących zgodnie odok siebie. Jednym z wielu gestów życzliwości wobec wyznawców obrządku grekokatolickiego było np. postanowienie, zawarte w instrukcji o wizytacji kanonicznej, by biskup przejeżdżający obok cerkwii unickiej, jeżeli będzie przywitany przez kapłana i lud stojący przed nią, wstąpił do cerkwi i udzielił w niej błogosławieństwa pasterskiego.

Przy końcu życia
Dnia 19 marca 1924 r. bp Pelczar obchodził dwudziestopięciolecie sakry biskupiej. Dwa dni później zachorował na zapalenie płuc.

Powiedział wówczas:
Jeżeli wolą Bożą jest, aby ta choroba była ostatnią w moim życiu, gotów jestem na śmierć, na którą zresztą cale życie się gotowałem.

Zmarł w nocy z 27 na 28 marca 1924 r. Jego ciało spoczęło w podziemiach kościoła Najświętszego Serca Jezusowego w Przemyślu. Zostawił po sobie pamięć człowieka Bożego, który pomimo niełatwych czasów, w których żył, pełnił wolę Bożą.

Podczas jego pogrzebu padły znamienne słowa, które trafnie charakteryzują całe jego życie:
Łączył zmarły biskup przemyski w swojej osobie najpiękniejsze tego episkopatu przymioty i talenta. A więc, niestrudzoną gorliwość pasterską, ducha inicjatywy z energią w działanie złączoną, światłość wielkiej nauki i bodaj czy nie większa jeszcze świętość cnoty - nade wszystko zaś świecił wzorem i przykładem wyjątkowej pracy i iście młodzieńczym w niej zapałem.

Dnia 2 czerwca 1991 r. Jan Paweł II dokonał w Rzeszowie beatyfikacji bpa Józefa Sebastiana Pelczara, zaś 18 maja 2003 r., w Rzymie, ogłosił świętym Kościoła Powszechnego.

Obecnie jego relikwie spoczywają w katedrze przemyskiej, w kaplicy Fredrów.

Jego liturgiczne wspomnienie przypada 19 stycznia.